三原火山迸发时弄醒了觉醒的哥斯拉，牠为了补充动力，先後袭击了一艘日本渔船及苏联的潜航舰。日本政府支持运用核武，皆因会拖累无辜的市民遭受死伤。于是出动超级火战机正面跟哥斯拉交锋。同时，林田博士亦发现了哥斯拉会受一种电波影响，并且会随它归巢。因此计划让哥斯拉随电波掉进火山口，并且将哥斯拉歼灭。