游城十代在前往deueru学术高中的退学考试的途中与传说中应战者武藤游戏戏剧性的相遇，并接受了1张卡片。但十代因此而迟到错过了考试。为此十代央求cronos教授让他同过考试之后就展开了应战者之路。本作品是承袭了动画《游戏王－怪兽之决斗》世界观的新系列第2部。男主角从原作的武藤游戏改换为游城十代，一些基础设定也焕然一新。但舞台与《游戏王－怪兽之决斗》是同一个世界，前作的退场人物也有数名退场。

本作设定在第一部剧情完毕八到十年之后的世界中展开，讲述少年游城十代报名参与决斗学院考试，并在学院学习生活中发作的一连串故事。

游城十代在前往决斗学院实技检验的途中，偶遇了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中取得一张幸运卡“天使小精灵”。与此同时，一个名为七星的奥秘集团出现了，它的目的是攫取被封印在决斗学院地底遗址中拥有消灭世界力气的三幻魔。游城十代及大德寺教员等人被选为遗址的守护者，与七星展开了黑暗决斗。后来众人不测发现大德寺教员也是七星的成员之一，十代打败大德寺教员，彻底挫败了七星的阴谋，并失掉贤者之石的卡片。三幻魔事情

游城十代在前往决斗学院实技检验的途中，偶遇了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中取得一张幸运卡“天使小精灵”。与此同时，一个名为七星的奥秘集团出现了，它的目的是攫取被封印在决斗学院地底遗址中拥有消灭世界力气的三幻魔。游城十代及大德寺教员等人被选为遗址的守护者，与七星展开了黑暗决斗。后来众人不测发现大德寺教员也是七星的成员之一，十代打败大德寺教员，彻底挫败了七星的阴谋，并失掉贤者之石的卡片。三幻魔事情