主人公游城十代在前往决斗学院的退学考试途中，与传说的决斗者武藤游戏相遇，并接受了武藤游戏的一张卡片。但是十代最终迟到并错过了考试。为此十代央求克洛诺斯教授让他经过考试，并由此展开了决斗者之路。

　　巧克莉（松本真理香 配音）和香草（井端珠里 配音）是生活在魔界的两个生动心爱的小魔女，她们其中的一人，将会成为下一任魔界女王，为此，两人之间展开了剧烈的竞争。两个姑娘离开了人界，她们的义务是搜集由人类心境凝结而成的结晶，数量更多着便可以赢得竞赛取得女王的头衔。　　巧克莉特性开朗热情，将对付人类看成是小菜一碟，谁知道人界和魔界大相径庭，反倒是有些外向害臊的香草更受欢迎。某日，巧克莉邂逅了名为皮耶