某一晚，野原一家同时梦见了古装剧里才会出现的”现代美女”，虽然全家人都觉得很不可思议，却也没有深化清查。当天下午小新从幼儿园回来时，看到小白正在庭院里拼命挖洞，而当小新也跟着末尾开掘后，居然挖出了一个箱子，外面放有小新亲笔写的书函，除了写有天正2年的字眼外，还画有肥嘟嘟左卫门的图案。小新由于摸不着眉目而闭上眼睛思索，却在睁开眼时发现自己曾经身处在一个战国时代，并阴错阳差救了武士，更因此得以见到

小兰的冤家原子家铃木财团预备展出他们家收藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回想之卵，回想之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，下面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮助，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一同前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决议一同联手解开怪盗基德之谜！