小新一家还有风间，妮妮，正男，阿呆一同报名动感超人周年纪念南海之旅，就在动感超人电影的船上首映会上，突然出现了一群粗犷的猴子将大人们都掳走了。春日部防卫队为了救出大人们而出动，小新一行人冒险渡海到南海上的一座荒岛希望可以查动身作了什么事，但本应在船上小葵和小白竟突然出现，小新还发现另一辆乖僻的船......

　　某日，小新（矢岛晶子 配音）、小葵和美伢（楢桥美纪 配音）被一群奥秘人物绑架，醒来之后发现身处一间奥秘的基地之内，原来，这里是名为“温泉G组”的秘密组织，意在维护关于日原本说十分珍贵的温泉。但是，横空出生的污垢达人博士（家弓家正 配音）希图应用“地球温泉方案”将温泉G组彻底击垮。　　独一可以阻止污垢达人博士的阴谋的，就只要仅存在于传说之中的“黄金之魂温泉”，而组员们经过调查，发现该温泉正益处于