汽车人和霸天虎连年不时的战争，给地球带来了莫大的损伤。为此，地球各国结分解立反响部队，针对变形金刚无论正邪一概绞杀。与擎天柱交往甚密的地球人凯德?伊格尔（马克·沃尔伯格 Mark Wahlberg 饰）不顾身边人的支持和政府的压力，以一己之力为大黄蜂、钢锁等汽车人提供庇护场所，时期他有意失掉一枚徽章，从而将危机引向自身。失踪的擎天柱飘回赛博坦，被变形金刚的发明者昆塔沙捕捉并黑化，命令他前往地球寻觅

故事发作在1896年的纽约，那时的纽约一片兴盛现象，一边是科技的长足提高，一边是贫富差距的加剧。这时发作了一连串男童妓被残酷杀害的事情，新任警察局长（日后的第26任美国总统）西奥多·罗斯福找来了立功心思学家拉兹洛·克莱斯勒、记者约翰·摩尔去秘密调查。他们并非同仇人忾，时任局长秘书（日后成为首位女警探）莎拉·霍华德组织了一个举动小组，应用心思学和新兴的法医学，抽丝剥茧，去抓捕这个连环杀手。

故事讲述讲述1897年时一位高官从西班牙来访，但他的女儿被绑架后令美西形势升温，在古巴的战争似乎已无可防止。