此番的新故事以马林梵多的顶上战争完毕后为原点，描画了失掉艾斯并与同伴们分别的岁月里，主人公路飞在鲁斯卡纳岛上修行习得霸气的故事，而西鲁巴兹·雷利、波雅·汉库克、巴基、佩罗娜等角色也将退场亮相。此外，剧中还会出现由尾田新绘制的朋友——恶魔果实持有者班迪·沃尔德。

　　曾经潇洒快活的草帽海贼团，如今由于路飞的大胃口也过上了绰绰有余的宽裕日子。迫于生计，他们求助于酒吧老板。而老板则指引他们走入一条深不见底的隧道。为了糊口，众人不顾死活向洞穴深处走去。到了止境，他们离开一个空间甚为开阔的场所，这里云集了有数的海盗团伙。原来，近期正要举行海盗大赛。所谓海盗大赛，是几年才会举行的海盗王者的飞行竞赛，优胜者将有丰厚的奖金，与之相伴则是莫大的生命风险。巨额的奖金让路飞等

　　正是狂风暴雨时节，路飞、娜美、索隆等人登上一艘行将漂浮的海盗船，并发现一个庞大的藏宝箱。众人费了九牛二虎之力，终于将箱子带回梅利号。结果发现，箱子里没有任何金银财宝，而是一个长相怪异且有些脱线的老太婆。老太婆唯恐路飞他们杀掉自己，于是许愿愿用金冠的秘密交流的生命。所谓金冠，传说是一顶无价之宝的王冠，只要真正的海之王才干拥有。路飞置信了老太婆的话，于是扬帆朝目的之地挺进。　　众人来至老太婆所住的

　　阳黑暗丽，惊涛骇浪，草帽海贼团的诸位正在享用着快乐光阴，而就在此时，娜美却突然发起高烧，一病不起。为了治好她的病，众人扬帆离开拥有“常冬之岛”之称的医疗大国磁鼓王国。在外地人的指点下，路飞等人背着娜美上山寻觅岛上独一的魔女医生——吴羽博士。与此同时，一年前因战乱而弃国逃亡的瓦爆鲁带着罪恶的魔法师兄弟木修鲁东山再起，他希图驱逐吴羽，重新统治这片土地。一时间烽烟重燃，盘桓在此的草帽海贼团自愿卷入其

　　自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便末尾对它停止研讨，后来有人重建出来所谓的“神之言语”，并树立电脑程式以启动原始索哈尔，停止和上位范围的U-DO(上位范围当中的白色动摇存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位范围流入下位范围的能量形成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“丧失耶路撒冷”)简直完从从宇宙中“消逝”，人类因此自愿逃亡，分开地球。

　　一日，努力于研讨化学X奥秘物质的ユートニウム博士跟助手同时也是他儿子肯发现了一种新物质Z。这种物质发射出一道白光跟一道黑光，在东京城中放出。　　这道白光打到了初中一年级生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる这3个女孩身上，于是，3个飞天小女警降生了！！　　与此同时，那道黑光打到了东京植物园里。一座猴子山上的猴子变成了飞天小女警们的宿敌。小女警们将怎样捍卫这座城市呢？……

　　故事发作在充溢了浪漫气息的绸织高校，作为一名转先生，周围的一切关于青叶陆（宫野真守 配音）来说都充溢了新奇。新的同窗，新的教员，虽然有些奇异但十分幽默的学校制度，即使有时分会被淘气的同伴恶作剧，但总的来说，陆在绸织高校的生活还是十分的快乐。　　关于高中生来说，校园恋爱是一项不可缺少的美妙回想，在学校里，陆看法了一群心爱的女孩子们。各方面都十分优秀的完美女孩天宫小百合（牧岛有希 配音），古灵精怪