G-Force定下了新的对G方法，名叫T方案。由大久保博士提出，内容是应用心灵感应控制哥斯拉，然後应用新发明能分开攻击的新莫基拉消灭哥斯拉，而同一时间有一只和哥斯拉一样拥有G细胞的宇宙怪兽太空哥斯拉正从太空飞来预备袭击地球，原来在1992年摩斯拉一役後，摩斯拉飞上太空时连同G细胞一同带往太空并和一些不知名物质结合後构成太空哥斯拉。人类究竟能否逃过哥斯拉及太空哥斯拉的危机……

　　远在人类文明15,000年前，地球上的高智能哥斯麽族就被两只大昆虫型怪物—摩斯拉及巴特拉所摧毁。而在一次山崩後，现昔日本的伊房岛上却将埋藏在地下的摩斯拉巨蛋开掘来。其後三只史上最弱小的怪兽—哥斯拉、摩斯拉及巴特拉碰头对决，虽然大怪兽摩斯拉及巴特拉联手成功将哥斯拉封印在海中，但人类的危机却并未处置，由于一颗超庞大的陨石将撞向地球…

　　1992年，一架飞碟突然出现日本上空。飞碟走下三名自称时来自23世纪地球联邦机构的官员，他们要求直接与日本首脑对话，敦促日本尽快消灭哥斯拉，防止重蹈未来亡国的命运。　　专事研讨各种奥秘事情的寺泽健一郎（丰原功补 饰）在未来写过《哥斯拉降生》一书，其中披露了这只恐惧怪兽降生的秘密。依据这本书的记载，未来人提出要健一郎、曾在太平洋和往常期目击哥斯拉的恐龙专家真崎洋典（佐佐木胜彦 饰）以及国度超迷信