哥斯拉突然从海底出现，于东海村登陆将市内的修建物及发电厂完全破坏，虽然自队向哥斯拉展开猛烈攻击，但却完全阻止不了它行进。另一方面，危机管理情报局的官博士于茨城县的海沟发现直径200米的现代陨石，後来陨石内的无机物质与哥斯拉相遇并自我退化成庞大怪兽奥加，而哥斯拉就与奥加在西新宿展开一场生死战。

　　一个全身闪红光的哥斯拉在香港登陆，并把港岛和九龙的兴盛商业区破坏後离去。及後东京海底队道亦由于隧道机械主轴溶化不停发作事故，原来哥斯拉身上的冷却系统已破坏，令牠体内核子分裂快速活性化，并变成一座懂得步行的核子厂。同时东京水族馆发作谜一样的事情—水族馆内的鱼被新奇杀害，经研讨後发现是一些生活在二亿多年前的地层生物—狄斯亚所形成。在临海副都心，自卫队派出冷冻战车迎战不明生物—狄斯亚及哥斯拉。此时哥

　　1992年，日政府在关西的筑波树立国际哥斯拉对策中心。世界科技精英共聚一堂，合力研讨一部G超武器—机械哥斯拉。以大前博士为首的调查团抵达亚度诺亚岛时，发现了一只完整无损的蛋。当团员把蛋带回京都时飞翼龙拿顿出现并攻击调查团一行人。这时哥斯拉亦在亚度诺亚岛出现，两只怪兽由海上战役到陆上……

　　远在人类文明15,000年前，地球上的高智能哥斯麽族就被两只大昆虫型怪物—摩斯拉及巴特拉所摧毁。而在一次山崩後，现昔日本的伊房岛上却将埋藏在地下的摩斯拉巨蛋开掘来。其後三只史上最弱小的怪兽—哥斯拉、摩斯拉及巴特拉碰头对决，虽然大怪兽摩斯拉及巴特拉联手成功将哥斯拉封印在海中，但人类的危机却并未处置，由于一颗超庞大的陨石将撞向地球…