故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争完毕后一部份吉恩公国军事权利并未降伏继续在各地与地球联邦军发作军事抵触，因此地球联邦军外部强力主张追杀吉恩剩余份子的保守排他权利泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥对立的手腕，反权利奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的末尾于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系

　　延续的破坏活动出如今东京湾左近。城南署的刑事久住及秦担任此案的调查任务。调查中，秦看法了担任大学讲师的冴子，并渐渐地对她发生了好感。之后，秦与久住在东京湾上的储藏基地遭遇了将人类一个个吞噬的异型怪物，原以为这个怪物就是延续袭击事情的真正凶手，没想到怪物遗留于现场的肉块，却让整个事情发生了天翻地覆的大转变，事情的内情涉及到了警视厅、防卫厅及特车二课，甚至还发现了秦所不知道的冴子的另一面。黑暗下是

　　从五次元而来的罪恶军团“嘉克帝国”末尾预备进攻地球了。而阻挠他们的是从现代末尾就维护地球的艾鲁多兰和他所驾驶的雷神王。可是，雷神王被帝国的司令官贝路塞夫卑劣的手腕所伤，而坠落到地球……　　雷神王坠落到阳升学园里，艾鲁多兰将操纵雷神王的雷神金属拜托给5年3班的先生后逝去……就这样，只要小先生参与的「地球防卫组织」成立。　　第二天，嘉克帝国的机器人废气罪恶兽·艾提索斯出现。这时，先生们手中的雷神金

　　地球聯邦政府與自護公國之間，發生了一場人類初次經歷的大規模宇宙戰爭。在戰爭的最後一年裡，天然機動武器-機動戰士正式投入到人類的戰事中。寓居在宇宙植民區的一位少年嘉美尤S為对立聯邦軍軍人而奪去新型的機動戰士 - 高達MK-II，並投身於反地球聯邦組織『奧干』的行列。被奪去高達MK-II的聯邦軍的精英分子，組織了『泰坦斯』，运用卑劣的手法，脅持了嘉美尤的父母作人質。最後，嘉美尤的父母就在他的面前慘

　　宇宙世紀 0087 年、地球連邦軍のエリート組織「ティターンズ」と、反地球連邦組織「エゥーゴ」の内戦は続いていた。エゥーゴに身を投じたカミーユは地球降下作戦後、エゥーゴの援助組織「カラバ」のハヤト・コバヤシらと接触。ティターンズの追撃をかわしつつ、再び宇宙へと還る機会をうかがっていた。　　そんな折り補給のために立ち寄ったニューホンコンで、カミーユは、奥秘的な少女フォウと運命的な出会いをする。だ

　　宇宙世紀 0087 年、地球圏の戦乱は混迷を極めていた。連邦軍のエリート組織「ティターンズ」と反地球連邦組織「エゥーゴ」の内戦の最中、エゥーゴを指揮する立場となったクワトロ（シャア）、ティターンズを我が物にしようと目論む“木星帰りの男”シロッコ、そして「ザビ家」復興を掲げるジオン軍残党“アクシズ”の指導者ハマーン・カーン。三つの勢力の地球圏の覇権を賭けた、政略と軍略が絡み合い、戦局は、庞大レー