故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争完毕后一部份吉恩公国军事权利并未降伏继续在各地与地球联邦军发作军事抵触，因此地球联邦军外部强力主张追杀吉恩剩余份子的保守排他权利泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥对立的手腕，反权利奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的末尾于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系

　　在未来世纪（Future Century，F.C.）由于地球严重被污染，人类移往宇宙殖民星，树立了新中国、新日本、新美国等殖民星国。各国在地球虽然还存有领土，但已遭到严重的无视。　　为了防止战争，各国决议以一场高达擂台赛(Gundam Fight，高达武斗)来决议各殖民星国对地球的统治权。竞赛每四年一度，以地球为擂台，每个国度（殖民星）派出一位代表参赛，一对一以高达对战，直至只要一名成功者。成

为了失掉从伽帕尼姆矿石采收的超级动力・光子力，希图降服世界的天堂博士末尾攻击该光子力研讨所。主人公兜甲儿搭乘超级机器人・魔神Z与其展停战役。天堂博士的部下阿修罗男爵、伯罗肯伯爵操控从巴多斯岛开掘出来的机械兽挡在了甲儿的面前，甲儿搭乘祖父・十蔵制造的用最强金属・超合金Z制造的魔神Z一同投身激战中。但是，这个战争隐藏着的是兜一族和Dr.赫鲁的过去因缘、米克内文明・巴多斯岛之谜和魔神Z的秘密，谜团交织的