故事发作在东京八丈岛远洋，这里建成了一座衔接了全球各地警方监控摄像的陆地设备“太平洋浮标”。在这座设备正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师离开现场。而与此同时，一项运用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在停止中……　　另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待上去到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，原告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。

　　在睡梦中，大空看到很奇异的现象，但一醒悟来，却发现自己要迟到了······于是大空骑车飞奔回校，不幸吃了一球，和萩原大介撞在一同······幸得麻衣子相救，大空才躲过被揍的厄运。教室里，麻衣子经过威逼和威吓，逼使大空放学跟她一同走······放学后，麻衣子为了让大空改掉前功尽弃的坏习气，带了他到龙宫城的地下游戏中心。在惊讶和兴奋之余大空跟麻衣子去注册，并“挑选”（电脑依据团体资料选择）了一条“

　　在距現在不遠的未來東京---　　隨著這時代科技的進步, 人們已開始运用氫氣電池及人型機器人了　　雖然技術進步了,但立功檢舉率卻相反的降低,失業率上升等等的社會不安宁也不斷添加　　外觀和現在林立的都市一樣....但, 實際上街道已經被混亂的陰影所?#092;罩了　　以這樣的東京為舞台,海空來,原田及黑川三人一同經營了一間通稱DSA的危險代理　　公司(DANGER SERVICE AGENCY),