故事讲述西元2060年的地球，人口爆炸，形成严重的社会效果，为了抑制入人口，凡是生育超越一个小孩的人都必需处死。岂料有一个超级纨绔子弟居然让100个女人怀孕，招致生下100个具有相反好色基因（DNA）的小孩散布在世界各地。为了处置这个可怕的效果，未来政府派遣一位少女特使－－加林，穿越时空离开90 年代，试图找出这个16岁的高中嫌犯：超级纨绔子弟……

　　20世纪末，一种被称为“B细胞”的物质被发现存在于生物体内，这种物质会直接侵入生物的DNA外部，使其发生异变。迷信家们对这种巧妙的物质发生了极大的兴味，为此停止了屡次植物实验，并秘密地预备将B细胞用在人体上。高中生海堂佑司在不知不觉中成为了牺牲品，也因B细胞的活性化而被诊为不治之症，进入了精心布置下的冷冻睡眠。在这段时间内，由于植物体内的B细胞无法经过冷冻来抑制，使其发作了突变增殖引发了物种变

奇力男谢洛（森久保祥太郎 配音）自幼失掉了双亲，沦为孤儿，在孤儿院过着鳏寡孤独的生活。时期，他结识了名为阿丽莎（筱原惠美 配音）的女孩，两人相依为命，共同离开牙之塔学习黑魔法。实践上，奇力男谢洛不时默默的倾慕着阿丽莎，可是，在阿丽莎的眼中，奇力男谢洛仅仅是一个需求她照顾的弟弟普通的存在。　　阿丽莎喜欢的，是她的教员查尔德曼（中田让治 配音），但是，查尔德曼却拒绝了阿丽莎的表达。伤心之中，阿丽莎末尾

　　年幼的爱力克兄弟十分思念逝世的母亲，不惜冒犯炼金术中最大的忌讳，停止了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失掉了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失掉了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了归还他们自己的罪，找回失掉的一切，兄弟二人踏上了寻觅传说中的“贤者之石”的旅程。　　几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国度炼金术士出如古人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。

第三季动画2012年春季放送决议！